Suite à la fermeture de la prison de Montluc en février 2009, d'importantes menaces de démolition pèsent sur les bâtiments. L’ Association des Rescapés de Montluc fait alors pression pour sauvegarder la prison et l'instituer en mémorial. Soutenue par les pouvoirs publics, cette demande conduit à l'inscription d'une partie du site à l'inventaire supplémentaires des Monuments Historiques le 25 juin 2009. Rénovée, elle est ensuite affectée au ministère des Armées et gérée par l’Office National des Anciens Combattants et Victimes de Guerre pour ouvrir au public à partir de septembre 2010 en tant que haut lieu de la mémoire nationale.

Crée afin de rendre hommage aux résistants, Juifs et otages, victimes des nazis et de Vichy, en abordant l’étude des politiques de répression et de persécution de 1940 à 1944, le mémorial aborde également les nombreuses autres strates historiques de la prison se succédant de 1921 à 2009.

Deux entités sont constituées afin d'accompagner le fonctionnement du mémorial. Un conseil d'orientation, composé principalement des associations d'anciens résistants et de la communauté juive. Un comité scientifique, structuré autour des différents chercheurs et de responsables d'autres structures culturelles et mémorielles.

Site du ministère des Armées géré par l'Office National des Anciens Combattants et Victimes de Guerre, le Mémorial National de la prison de Montluc s'intègre également dans un vaste réseau de lieux de mémoire composé de dix hauts lieux de la mémoire nationale ainsi que de 275 nécropoles nationales.